I begyndelsen af 1400-tallet stod Ballerup kirke over for den første store ændring. Hvor kirken i den romanske tid havde haft et fladt bræddeloft, blev der nu indsat murede krydshvælvinger. Dette nye loft blev udsmykket med kalkmalerier af Kongstedmaleren.
På grundplanen ses hvorledes kirkens loft blev ændret med krydshvælvingerne.
